تحول حوزه علمیه در گذشته و حال در سه بخش بررسی شده است. متناسب بودن فعالیت های حوزه با تحولات شرایط زمانه نیازی است که بر اساس آن تحول روحانیت را در تاریخ معاصر به ویژه بعد از انقلاب می طلبد. جایگاه روحانیت پیش از انقلاب بیشتر به منبر و محراب محدود می شد. اما با پیروزی انقلاب اسلامی و وارد شدن حوزه های علمیه به عرصه های سیاسی و اجتماعی وسیع تر و همچنین تصمیم گیری و تصمیم سازی های کلان و در اختیار داشتن ابزار های رسانه ای فراگیر، ضرورت بازنگری و ارزیابی این نهاد تاثیر گذار را بیشتر نشان می دهد

آیت‌الله علی‌اکبر رشاد رئیس پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه‌ي اسلامی طی سخنانی در نشست هم‌اندیشی نقش روحانیت در تدوین الگوی اسلامی ایرانی پیشرفت که در مدرسه‌ي علمیه امام خمینی(ره) قم برگزار شد، اولین قدم در جهت دستیابی به الگوی اسلامی ایرانی پیشرفت را تحول، پیشرفت و الگوشدن حوزه دانست و اظهار کرد: نعمت بزرگی است که طلبه‌ها دور هم جمع شوند و راجع به یک مسئله‌ي تاریخ‌ساز تبادل نظر کنند. وحدت حوزه و دانشگاه نیز به همین مفهوم است و آنچه که در جریان این حرکت اتفاق می‌افتد نمود عینی وحدت حوزه و دانشگاه است.

فلسفه‌های مضاف در جهان، به مثابه دانش‌هایی مستقل و منسجم، دیری نگذشته است، و درباره‌ي مسائل این دسته از معارف حِکمی، چندان که باید، کسی ـ‌ به‌ویژه در ایران ‌ـ سخن سخته و سنجيده‌اي نگفته است؛ حاق و حاشیـه، و حـدود و حـوالی این علوم، کماهی، شناخته و ساخته و پرداخته نشده است، هم از این‌روست که درباره‌ي مسائلی چون تعريف، اقسام و تقسيمات، موضوع، مسائل، قلمرو، غايت و فائدت، روش‌شناسي فلسفه‌، ساختار صوري، هويت معرفتي، هندسه‌ي معرفتي، منــابع و مناشي، نسبت و مناسبات فلسفه‌هاي مضاف با علوم هموند و همگن، تفاوت آن‌ها با دانش‌هاي مضاف، و نيز جايگاه آنها در جغرافياي علوم اسلامي، و… ابهام‌های بسیاری وجود دارد و همین ابهام‌ها، موجب پاره‌ای چالش‌ها و لغزش‌ها در میان پژوهندگان این حوزه‌ي معرفتی خطير گشته است.

فلسفه اصول فقه از زمره فلسفه‌های مضاف به علوم است، و می‌تواند از شاخه‌های «فلسفه معرفت دینی» قلمداد شود؛ تأسیس یا تدوین فلسفه اصول، از اهم ضرورتهای معرفتی حوزه معرفتی دین و معرفت دینی است. این تحقیق درصدد مطالعه عقلانی مبانی و احکام فرادانشی و فرا مساله‌ای (و استطراداً، پیرا مساله‌‌ای) علم اصول است.